Au début des années 1980, une génération d’artistes fait bouger les lignes de la marionnette. Les formes se renouvellent au contact du théâtre, des arts plastiques, de la danse, de l’image et de la musique. À Paris, ce mouvement trouve un espace de rencontre avec les Semaines de la marionnette, créées en 1981 par le Centre national de la marionnette. Pendant dix éditions, le festival accueille des compagnies françaises et étrangères, met en lumière de nouveaux artistes et fait connaître au public la diversité de ces écritures.

Directrice des Semaines de la marionnette, Lucile Bodson défend la création d’une structure qui prolonge l’action du festival tout au long de l’année. Avec le soutien de la Ville de Paris et du ministère de la Culture, le Théâtre de la Marionnette à Paris voit le jour le 16 septembre 1992. Nomade pendant vingt ans, il construit ses saisons avec différents théâtres partenaires à Paris. Il crée également deux rendez-vous qui marquent durablement son histoire : les Scènes ouvertes à l’insolite en 1994, consacrées à la jeune création, puis la Biennale internationale des arts de la marionnette en 2001, conçue à l’origine avec le Parc de la Villette.

En 2003, Isabelle Bertola en prend la direction. Elle renforce l’accompagnement des artistes dans la durée, de l’émergence à la diffusion, et inscrit la structure dans un réseau de coopérations à l’échelle parisienne, francilienne et nationale. Mené aux côtés des autres acteurs du secteur, ce travail contribue à la structuration du réseau national et à la reconnaissance institutionnelle des arts de la marionnette. L’installation au 73 rue Mouffetard, en 2013, constitue une étape décisive de ce développement : le Théâtre de la Marionnette à Paris devient Le Mouffetard – Théâtre des arts de la marionnette. En 2022, il est l’une des six premières structures à obtenir le nouveau label national consacré à la discipline et prend son nom actuel : Le Mouffetard – Centre national de la marionnette.

Le 1^er janvier 2026, Aurelia Ivan succède à Isabelle Bertola. Marionnettiste et metteuse en scène, diplômée de l’École nationale supérieure des arts de la marionnette (ESNAM) de Charleville-Mézières, elle devient la première artiste à prendre la direction de la structure depuis sa création en 1992. Sa nomination ouvre une nouvelle étape dans son histoire.